Koguduse ajalugu ulatub kaugemale, kui 1924, mil avati kogudusehoone, Viimsi Vabakogudus.
Sellest ajast on palju vett merre voolanud, kuid kogudus on püsinud elujõus ja edasiminev, vaatamata rannikutuulte ja -tormidele. Oleme oma tegevuses tänaseks uus, kuid kantud eelnevate põlvkondade visioonist ja eestpalvetest.
Ajalugu viib meid tagasi ärkamisaega, mis algas Vormsi saarelt. Rootsi Kuningriigist saabunud pastor ja visionär Lars Johan Österblomi töö ja tegevuse aega aastast 1873. Ärkamine, mida täna nimetatakse ka Läänemaa ärkamiseks, levis saarte kaudu mandrile, muuhulgas ka meie poolsaarele.
Viimsi Vabakoguduse hoone seinad, püstpalkidest puumaterjal, toodi meritsi Naissaarelt. Sealne Rootsi keelne kogukond oli tihedalt seotud tolleaegse Haabneeme (Apenäs) rahvaga.